儘管《使命召喚9:黑色行動2》故事描寫的是2025年,但它將從1980年的冷戰開始說起,主要講《黑色行動2》中大反派勞爾?梅南德斯的身世。這個人在2025年挑起了中美之間的戰爭。在1980年的故事中,玩家將扮演亞歷克斯?梅森(Alex Mason),《黑色行動》中的主角。其中大部分筆墨描寫中美洲代理人戰爭。來自《黑色行動》的另一個角色富蘭克?伍茲(Frank Woods)將回歸《黑色行動2》,旁白敘述這段一直延續到2025年的故事。維克多?雷澤諾夫( Viktor Reznov)的支線情節以及始於《世界戰爭》、興於《黑色行動》的他和亞歷克斯?梅森的關係將插續於《黑色行動2》。