耶穌會 ( Society of Jesus )是1504年聖依納爵‧羅耀拉( St. Ignatius of Loyola )創立的天主教修會。為了重振天主教教會,耶穌會士不再只住在修院隱修,而是要深入社會,與各階層人民接觸。耶穌會積極響應教皇號召,向海外傳教。當沙勿略(Xavier)想在日本傳教時,發現日本受中國文化影響甚深,因此開始著手入華傳教的計畫,但中國當時禁止外人入華傳教。直至1554年,葡萄牙人取得澳門作為根據地後,澳門成為遠東的傳教中心。不過中國政府只允許在澳門的葡萄牙人可自由信仰他們的宗教,仍嚴禁傳教士入內地傳教。
湯若望(Jean Adam Schall von Bell),是活躍於明清之際的著名耶穌會傳教士。他先在明廷修訂曆法,政權交替後,獲得新統治者的允許,仍留在朝廷繼續曆法修定的工作。 湯若望在華四十多年,將西方先進的天文學、光學、火器、礦業等新知介紹到中國。最重要的貢獻,是參與了曆法改訂,編定了《崇禎曆書》。湯若望還編纂了《遠鏡說》,這本書對伽利略望遠鏡的製作原理、結構、功能以及使用的方法都做了詳盡說明,是中國科學史上很重要的一部著作。
禁教期間,基督教在中國並沒有絕跡,傳教活動仍在暗中進行。中國籍傳教士,打扮成商人,到各地傳教。西方傳教士則儘量打扮成中國人的樣子,以避人耳目。例如打扮成病人,每天以茶洗面,使顏色黧黃﹔休息時,則以被褥蒙首,面壁而臥;並靠著中國教友幫忙,暗地接送傳教士,長期暗藏或供養被追捕的神父。在江南地區傳教者,如1745年(乾隆10年),義大利談方濟神父(Franciscus de Attimis)在黃安多神父(Antonius Josephus Henriquez)的幫忙下,利用河道,白天蟄伏在教友的船艙,晚上才登陸活動,施行聖事,天明即散。