不久之後,為了收復聖地耶路撒冷與拯救拜占庭帝國,在教宗的號召之下,成立了十字軍(Crusades,1096-1291年),向回教徒宣戰。然而,多次的征伐失敗,早已讓教宗的顏面盡失,進而削弱了羅馬教會的聲望。十四、十五世紀間的教會內鬥,讓羅馬教會的統一與團結蒙上陰影。1305年,法國波爾多大主教(Archbishop of Bordeaux)在鮑尼法斯八世去逝後被選為教宗,稱為克力門五世(Clement Ⅴ),當時的法王竟將教廷遷往法國的亞威農(Avignon),教宗成為法王的禁臠,這段時期稱為「巴比倫之囚」(Babyeonian Captivity,1309-1377),教宗喪失了原有的歐洲領導地位,歐洲各國群起反對法國的獨斷獨行,但仍有近七十年的時間,教宗形同法王的附庸。一直到1377年,教宗格列哥里十一世(Gregory ⅩⅠ)排除萬難,終於重回羅馬,但法王屬下的樞機主教卻另選一位新教宗,與羅馬教廷相對立,彼此爭奪正統,形成教會的「大分裂」(The Great Schism,1378-1417)。雖然最後終於在神聖羅馬帝國皇帝的調解下,另外選舉新教宗,在西元1417年重新統一教會,但是,教宗始終無法恢復以前的威望與權力。
1508年,路德被聘為威丁堡(Wittenberg)大學的教師,不久又取得了神學碩士學位。1512-1517年之間,他對宗教的觀念已漸漸與羅馬教會悖離,而真正點燃路德怒火的是贖罪券的販售。一位名叫泰澤爾(Tetzel)的修士,為了重建羅馬聖彼得大教堂,擴大發行贖罪券。當時的教宗李奧十世生性闊綽,負債如山,為了開闢財源,也同意泰澤爾的點子,並且發布教令,在歐洲各國出售「贖罪券」,許多愚夫愚婦爭相購買,以為能得到拯救。正當教會前往日耳曼的威丁堡販售贖罪券時,管轄此地的日耳曼撒克森的腓特烈(Frederick the Wise)侯認為贖罪券的販售是一種非法斂財的行為,不但禁止教會進入其境內販售贖罪券,也禁止其境內的人民購買。當時在威丁堡大學任教的馬丁路德得知這個消息,也十分憤怒,以拉丁文發表了反對贖罪券發售及贖罪券無用的「九十五條論綱」,並在1517年貼於威丁堡教堂門上,揭開宗教改革的序幕。九十五條論綱被大量印刷,而且被譯成德文,廣泛流傳。路德大膽向教宗及教會的權威挑戰。
西元1517年,馬丁路德發表了「九十五條論綱」後,激起一連串的筆戰。擁護販售贖罪券的教士,例如泰澤爾,在同年,寫了「一百零六篇駁論」(One Hundred and Six Anti-Theses)作為「九十五條論綱」的答辯。路德又寫了「論贖罪券與上帝恩賜」(A Sermon on Indulgences and Grace)回答泰澤爾,且挑戰意味濃厚地答道:「假使因為我所說的道理,使某些人的錢包受到影響,而稱我為異教份子的話,我會很不在乎這些人的咆哮,因為只是那些不懂聖經的人這麼說而已。」但,此時的路德其實並無意創立一個新教派,也沒有要脫離羅馬教會的意思,他只是堅持他認為對的事。路德在剛發表九十五條論綱時,思想體系其實並不完整,經過多次的辯論之後,路德的觀念更為清晰、融貫,與羅馬會的思想漸行漸遠。反對路德的人則意圖將他與波希米亞的胡斯視為同路人,指責路德破壞教會規則,並且強烈建議路德應受火柱之刑。西元1519年,擁護傳統神學的英格斯塔特大學(University of Ingolstadt)的教授埃克(Johann Eck)便公開要求與馬丁路德辯論,埃克高明的辯論技巧迫使路德同意韋克力夫、胡斯等人的宗教改革主張,同時承認自己的確是異端。這達到了埃克的目的,他隨即將此一辯論寫成報告,呈給教宗。
1520年,路德陸續完成三本小冊子:《致日耳曼基督教貴族書,關於基督徒地位的改進》(To the Christian Nobility of the German Nation Concerning the Improvement of the Christian Estate )、《教會的巴比倫之囚》(The Babylonian Captivity of the Church)、《基督徒的自由》(The Liberty of Christian),這些小冊子在歐洲廣受歡迎,卻激起了教宗的憤怒。教宗決定以教會最嚴厲的處罰來制裁路德—發布「破門令」,意即將他逐出教會。路德的反應令教宗驚愕,路德在威丁堡大學的師生面前將教宗的詔令當場焚毀。1521年,教宗再對所有的新教徒發出破門令,路德與教宗正式決裂。為了解決日耳曼內部的宗教問題,1521年,新上任的神聖羅馬帝國皇帝查理五世(Charles Ⅴ)在伏姆斯(Worms)召開會議,他將路德等新教份子視同蛇蠍。會議上,路德重申聖經的權威、「因信得義」堅不屈服於教宗的精神鼓舞了新教人民,卻也招致舊教人民的反感。為了保護路德,支持路德的撒克遜公爵腓特烈將路德藏匿在瓦特堡(Wartburg),路德在這段時間內,將新約聖經翻譯為德文。1522年,路德眼見新教改革運動的分裂與失控,毅然決然回到威丁堡,領導宗教改革,他取消修道院,允許修士、修女、教士結婚,禮拜時也改採德語,路德成為真正的宗教改革領袖,這也是路德教派的起源。
1522—1525年間,一群受到新教思想啟發的宗教改革極端派不斷煽動農民叛變,路德雖自稱為「農民之子」(Son of Peasant),但他反對暴力革命,支持政府鎮壓農民暴動,並在1525年出版了《反對殺人越貨的農民暴徒》(Against the Murdering,Thieving Hordes of Peasant)。但許多原本支持新教的諸侯卻不能茍同路德的行為,包括路德與一位修女結婚,身體力行反獨身主義的教義,使得不少日耳曼南部的諸侯重返羅馬公教的陣營,日耳曼境內從此有了新、舊教之分。新、舊教戰營分別成立「徐馬爾卡底聯盟」(Schmalkaldic League)與「天主教聯盟」(Catholic League),彼此對峙。在路德死後,當時神聖羅馬帝國皇帝查理五世袒護「天主教聯盟」,並想要藉此消滅新教與擴張皇權,曾在1546—1547年間發動戰爭,但新教諸侯反對查理五世干涉宗教信仰,連舊教諸侯都反對他擴張皇權,查理五世功敗垂成。1555年,雙方簽訂「奧格斯堡宗教和約」(Religious Peace of Augsburg),尊重彼此信仰自由,路德教派從此取得合法地位,日耳曼北部及北歐各國如瑞典、挪威、丹麥等都相繼改信路德教派,路德教派成為北歐勢力最大的教派。不過,奧格斯堡宗教和約並沒有保障真正的宗教自由,一直到三十年戰爭(The Thirty Years’ War,1618—1648)結束,才確保歐洲各地的宗教自由。
當馬丁路德的思想與著作陸續傳入英國時,吸引了不少支持者,但英國的貴族及教會都反對新教,英國政府因而採取嚴厲的反新教措施,將路德的學說斥為異端,禁止新教言論的散佈,逮捕倡導新教的改革人士,當時的國王亨利八世甚至還親筆寫了一篇「七大聖典衛護論」(Defense of the Seven Sacraments)以反駁馬丁路德,並且為了表示忠於教宗,還特別包裝以金色封面,派遣特使呈獻給教宗李奧十世,李奧十世封贈亨利八世為「信仰衛護者」(Defense of the Faith)。不久之後,亨利八世卻因為婚姻問題而與羅馬教廷決裂。原來亨利八世的哥哥亞瑟(Arthur)娶了西班牙公主凱薩琳(Catherine)為妃,不到半年,亞瑟去世,為了延續與西班牙王室聯姻的機會,便將凱薩琳改配給亨利八世。凱薩琳比亨利八世大六歲,兩人所生的子女多數夭折,只有瑪麗(Mary)一人存活,加上凱薩琳已難再生育,於是亨利八世想起了舊約聖經中所言︰「人若娶兄弟之妻不能生子」,認為自己應是違背天意而遭天譴。此時,亨利八世迷戀上凱薩琳身邊年輕貌美的侍女安妮寶琳(Anne Boleyn),深得亨利八世喜愛。亨利八世於1527年向教宗提出離婚要求,以年幼被迫與寡嫂成婚為由,請求當時的教宗克力門七(Clement Ⅶ)批准其離婚案。
面對此案,克力門七世陷入左右為難的困境。若批准了離婚案,則勢必為教廷埋下後患,因為凱薩琳是西班牙兼神聖羅帝國皇帝查理五世的姑母,而且查理五世的軍力控制了羅馬等地;若不批准離婚案,則又得罪了亨利八世,克力門七世只得採取拖延戰術,壓下此案不批。亨利八世對教宗的拖延感到不耐煩,在國會的支持下,遂自任為英國教會的最高領袖,成功結束他與凱薩琳的婚姻關係。亨利八世雖然脫離了羅馬教會的控制,但英國國教派仍保有舊教的教會組織、教義解釋、禮拜儀式等。直到1547年,亨利八世病逝,年僅九歲的愛德華六世(Edward Ⅵ,1537-1553)即位。因為輔政大臣傾向新教,坎特伯里大主教克蘭姆(Thomas Crammer)在1548年寫成「公共祈禱書」(The Book of Common Prayer)一書,並經國會通過,下令全國的教堂一體遵行。政府積極的清查教堂的財產,同時焚毀與天主教相關的著作或是祭品,甚至禁止望彌撒,使得舊教在英國反而成為異端。
西元1553年,愛德華六世病逝,其姊瑪麗繼承王位。瑪麗是個虔誠的天主教徒,在新教信仰者當政的時期,她的信仰讓她飽受苦難。1554年,她下令全國恢復天主教信仰,規定新教及其他教派均屬非法,不得活動與散發出版品。但英國國內的新教勢力並未因此衰微,瑪麗王后甚至聽聞新教徒正策劃叛變,為了貫徹天主教信仰,大開殺戒,前述的大主教克蘭姆也是殉道者之一,受迫害的新教徒因此稱她為「血腥瑪麗」(Bloody Mary),這段迫害時期並不長,她在1558年病逝,由亨利八世與安妮寶琳的女兒伊莉莎白一世即位。 羅馬教廷因為伊莉莎白一世的身世而拒絕承認她合法的英王地位,伊莉莎白一世決定恢復新教,使得英國教會再次脫離羅馬教宗而獨立,確立英王是英國國教派的領袖,並且修訂「公共祈禱書」,通令全國各教會採行。西元1563年,制定「三十九信條」(Thirty nine Articles),作為全英國國教派遵守的教規,奠定了英國國教派的教禮、教義之基礎。
三十年戰爭一開始只是神聖羅馬帝國內部的新、舊教爭執,起因於神聖羅帝國皇帝鎮壓境內的新教徒,激起波希米亞(Bohemian)新教徒的叛變,並意圖尋求獨立。後來丹麥、瑞典、法國等也都因為各自的利益而加入了戰團,最後竟演變成全歐洲的大戰爭。 西元1618年,信仰新教的波希米亞人民發動叛變之後,當時的神聖羅馬帝國皇帝斐迪南二世(Ferdinand Ⅱ,1619—1637)迅速派兵鎮壓,事後並迫害新教徒,下令廢止一切宗教自由。波希米亞戰爭的結果,讓英國、荷蘭、瑞典、丹麥等新教國家感到震驚,擔心舊教的勢力會因此而壯大,有意派兵干涉。丹麥在英國的支持下,在1625年派出六萬大軍,進軍神聖羅馬帝國。表面上,丹麥是同情神聖羅馬帝國的新教徒,實際上,爭取新領土才是丹麥出兵的主因。波希米亞貴族出身的華倫斯坦(Wallenstein)意識到這是一個攸關國家存亡的戰爭,乃自費招募軍隊,力阻丹麥侵略國土。1629年,兩軍講和,簽訂了「律貝克和約」(Peace of Lubeck)。戰事至此,舊教徒占盡上風,斐迪南二世趁勝追擊,頒佈一項法令:要求新教徒歸還在西元1552年之後所取得的教領地及教產。
除了經濟民生的百廢待興外,為了削弱神聖羅馬帝國的力量,西發里亞條約中特別規定給予帝國境內二、三百個諸侯獨立主權,意即這些諸侯可以自由與外國締約或交戰。如此一來,哈布斯堡家族只不過是日耳曼境內的一個諸侯,神聖羅馬帝國形同虛設,只是一個無權且鬆散的帝國。二、三百個諸侯雖然獲得了獨立主權,但缺少了一個強而有力的中央領導,也延遲了日耳曼的統一。不過,也因為戰爭的慘烈,在戰時便有許多關懷人文的學者希望能組織一個和平機構,以避免殘酷的戰爭與扶助在戰爭中死傷的平民,荷蘭人格羅秀士(Hugo Grotius,1583-1645)是其中的代表。格羅秀士精通國際法,他目睹三十年戰爭期間的悲慘景象,皆起因於新舊教徒彼此仇視,乃極力提倡「宗教寬容」,並在1625年完成《戰爭與和平法律論》(On the Law of War and Peace)一書,呼籲國際間應制定出一種不論戰時或是平時,任何國家都必須遵守的國際公法,而開創了近代「國際法」(International Law)的先河。